Проектирование начинается с изучения спецификаций, подготовленных в процессе анализа, и завершается созданием спецификаций программ. На этом этапе необходимо выполнить очень большой объем работ. Система должна быть разделена на программы, данные распределены по файлам, включены соответствующие процедуры обеспечения защиты и восстановления данных, определена потенциальная эффективность системы и разработана документация для пользователей, операторов и программистов. Это непростая задача, и ее успешное решение часто целиком зависит от опыта и интуиции квалифицированных проектировщиков.

Этап проектирования является промежуточным звеном между системным анализом, программированием и эксплуатацией. Следовательно, проект должен отражать как административно-управленческие, так и технические аспекты функционирования системы. Однако программисты и операторы не всегда знакомы с производственной технологией, а язык технической документации непонятен системным аналитикам и пользователям. В результате проект нередко удовлетворяет только одному из своих назначений. В системе Modus проект разделен на два компонента: логический проект, в котором строится функциональная модель предметной области, и технический проект, доводящий эту модель до технической реализации.

Спецификации операций в логическом проекте не дублируют описания, составленные на этапе системного анализа. Последние расширяются и верифицируются в такой степени, чтобы их можно было включить в спецификации программ.